Problemáticas en Montes Azules

Montes Azules soporta desde los años 70 fuertes presiones por problemas sociales, políticos y hasta religiosos, que se expresan en nuevos asentamientos humanos, agricultura no sustentable y destrucción del entorno con incendios y tala. La conflictividad en el lugar se disparó en 1994, cuando hizo su aparición en Chiapas el Ejército Zapatista de Liberación Nacional (EZLN).
Parte de las bases sociales de ese grupo están en la selva Lacandona, incluido Montes Azules, a donde arribaron huyendo de la violencia o por orden de su comandancia. Pero también hay nativos opositores a los zapatistas y muchos que llegaron simplemente buscando un pedazo de tierra para sobrevivir.

La problemática agraria y la lucha por la tenencia de la tierra en la zona lacandona ocasionan no sólo conflictos sociales, sino problemas ambientales que amenazan áreas naturales protegidas. Los problemas a los que se enfrentan son por la sobre explotación de los suelos y la tala inmoderada que se vive en este lugar. En esta área se aplica el sistema de roza-tumba y quema, para abonar la tierra y producir. Al quemar gran parte de pasto, contaminan el medio ambiente y al cazar animales, ocasiona que estos pocos desaparezcan o se extingan.
 También existe la deforestación esto se debe a la extracción de maderas como el cedro, caoba y la extracción de palma. Por otra parte, se han registrado más de 500 especies de plantas vasculares y de éstas, 23 se encuentran en peligro de extinción. Ahora la biodiversidad se convierte en bancos genéticos de alto interés, para las industria biotecnológica, agroalimenticias y farmacéutica, así como para las embotelladoras de agua.